لیمبڈا متغیر: ویکسین مزاحم اور زیادہ متعدی؟

عوامی ڈیٹا کا تجزیہ

SARS-CoV-2 نسبوں اور چلی سے دستیاب تسلسل سے نمونہ لینے کی تاریخ کا ڈیٹا کونسورشیو جینوماس CoV2 سائٹ سے حاصل کیا گیا https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. ویکسینیشن کا ڈیٹا وزارت سائنس ، ٹیکنالوجی ، علم اور انوویشن کے عوامی ڈیٹا سے حاصل کیا گیا ہے۔ https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (پروڈکٹ 83)

انفیکشن کی جانچ

مختلف SARS-CoV-2 سپائیک پروٹین لے جانے والے سیڈو ٹائپ وائرس تیار کیے گئے تھے جیسا کہ ہم نے پہلے بیان کیا ہے۔¹². مختصرا، ، ایچ آئی وی 1 پر مبنی SARS-CoV-2 سیڈو ٹائپس HEK293T خلیوں میں pNL4.3-nEnv-Luc کے ساتھ مل کر متعلقہ pCDNA-SARS-CoV-2 اسپائک کوڈنگ ویکٹر کے ساتھ 1: 1 داڑھ تناسب میں پیدا کی گئیں۔ پلازمیڈ ایک کوڈن آپٹمائزڈ سپائیک کوڈ کر رہا ہے جس میں C-terminal end (SΔ19) کے آخری 19 امینو ایسڈ کی کمی ہے جو اینڈوپلاسمک ریٹیکولم میں برقرار رکھنے سے بچنے کے لیے جانا جاتا ہے۔¹² جین کی ترکیب یا اپنی مرضی کے مطابق سائٹ کی ہدایت کردہ اتپریورتن (جین سکرپٹ) کے ذریعہ حاصل کیا گیا تھا اور اس میں درج ذیل تغیرات تھے: نسب A (حوالہ ترتیب) ، نسب B (D614G) ، نسب B.1.1.7 (Δ69-70 ، Δ144 ، N501Y ، A570D ، D614G، P681H، T716I، S982A، D1118H)، نسب P.1 (L18F، T20N، P26S، D138Y، R190S، K417T، E484K، N501Y، D614G، H655Y، T1027I) اور نسب C.37 (G75V، T76I) 246 ، L252Q ، F452S ، D490G ، T614N)۔ ہر سیڈو ٹائپ تیاری کو کمرے کے درجہ حرارت پر 859،3,000 rpm پر سینٹرفیوگریشن کے ذریعے صاف کیا گیا ، ایچ آئی وی -1 گیگ پی 24 کوانٹیکائن ایلیسا کٹ (آر اینڈ ڈی سسٹم) کا استعمال کرتے ہوئے ، 50 fet برانن بوائین سیرم (سگما الڈرچ) میں الگ کیا گیا اور -80 ° C تک ذخیرہ کیا گیا۔ استعمال کریں. سیڈو ٹائپ وائرس کی مختلف مقداریں (جیسا کہ ایچ آئی وی -1 پی 24 پروٹین کی سطح سے طے شدہ ہیں) HEK-ACE2 خلیوں کو متاثر کرنے کے لیے استعمال کی گئیں اور 48 گھنٹوں کے بعد ، گلوفیکس 96 مائیکروپلیٹ میں لوسیفریز پرکھ ریجینٹ (پرومیگا) کا استعمال کرتے ہوئے فائر فلائی لوسیفریز سرگرمی کی پیمائش کی گئی۔ luminometer (Promega)

غیر جانبداری پرکھ

سیڈو ٹائپ وائرس نیوٹرلائزیشن اسیس بنیادی طور پر انجام دیئے گئے جیسا کہ ہم نے پہلے بیان کیا ہے۔¹². مختصرا ، ، ​​پلازما کے نمونوں کی سیریل ڈیلیشنز (1: 4 سے 1: 8748) DMEM میں 10 fet برانن بوائین سیرم کے ساتھ تیار کی گئیں اور 5 ° C پر 24 گھنٹہ کے دوران ہر سیڈو ٹائپ وائرس کے p1 کے 37 ng کے ساتھ انکیوبیٹ کیا گیا اور پھر ، 1 × 10⁴ ہر کنویں میں HEK-ACE2 خلیات شامل کیے گئے۔ HEK293T خلیات (ACE2 کا اظہار نہیں کر رہے ہیں) سیڈو ٹائپ وائرس (نسب A) کے ساتھ انکیوبیٹڈ کو منفی کنٹرول کے طور پر استعمال کیا گیا تھا۔ خلیوں کو 48 گھنٹوں کے بعد لیس کیا گیا ، اور فائر فلائی لوسیفریز سرگرمی کو گلوکامیکس 96 مائیکروپلیٹ لومینومیٹر (پرومیگا) میں لوسیفریز پرکھ ری ایجنٹ (پرومیگا) کا استعمال کرتے ہوئے ناپا گیا۔ ہر کمزوری کے لیے غیر جانبداری کی فیصد کا حساب لگایا گیا اور ہر نمونے کی ID50 کا حساب گراف پیڈ پرزم ورژن 9.0.1 کے ذریعے کیا گیا۔

اعداد و شمار کا تجزیہ

گراف پیڈ پرزم سافٹ ویئر ورژن 9.1.2 کا استعمال کرتے ہوئے شماریاتی تجزیے کیے گئے۔ SARS-CoV-2 pseudotyped وائرس کے پینل کے خلاف اینٹی باڈی ٹائٹرز (NAbTs) کو غیرجانبدار بنانے کے لیے متعدد گروپ موازنہ نیز جنس اور دھواں کی حیثیت سے NAbs کے ردعمل کا موازنہ ایک جوڑا ولکوکسن سائنڈ رینکڈ ٹیسٹ کے ذریعے کیا گیا۔ عوامل میں تبدیلی کو آئی ڈی میں جیومیٹرک مین ٹائٹر کے فرق کے طور پر شمار کیا گیا۔₅₀ وائلڈ ٹائپ سیڈو ٹائپ وائرس کے مقابلے میں۔ این اے بی ٹی اور عمر یا بی ایم آئی کے مابین ارتباط کا تجزیہ اسپیئر مین کے ٹیسٹ کے ذریعے کیا گیا۔ یکطرفہ انووا اور ٹوکی کا ایک سے زیادہ موازنہ ٹیسٹ انفیکشن کے اعدادوشمار کے تجزیے کے لیے کیا گیا۔ پی ویلیو ≤0.05 کو اعداد و شمار کے لحاظ سے اہم سمجھا جاتا تھا۔

اخلاقی منظوری

اسٹڈی پروٹوکول کو یونیورسیڈاد ڈی چلی (پروجیکٹس N ° 0361-2021 اور N ° 096-2020) اور کلینیکا سانتا ماریا (پروجیکٹ N ° 132604-21) میں میڈیکل فیکلٹی کی اخلاقیات کمیٹی نے منظور کیا۔ تمام ڈونرز نے باخبر رضامندی پر دستخط کیے ، اور ان کے نمونے گمنام رکھے گئے۔

لیمبڈا ویرینٹ میں اسپائک تغیرات کا اثر انفیکشن اور اینٹی باڈیز کے ردعمل کو غیر جانبدار کرنے پر۔

چلی سے 3695 تسلسل کا تجزیہ 24 جون کے مطابق GISAID میں جمع کیا گیا۔^th 2021 SARS-CoV-2 کی مختلف اقسام گاما اور لیمبڈا کو آخری سہ ماہی کے حساب کتاب کے دوران ، ایک ساتھ ، تمام تسلسل کے 79 for پر ظاہر کرتا ہے۔

دلچسپ بات یہ ہے کہ اس عرصے کو ایک بڑے پیمانے پر ویکسینیشن مہم کی خاصیت دی گئی ہے جس میں ہدف آبادی کے 65.6 فیصد (18 سال اور اس سے زیادہ عمر کے افراد) کو 27 جون کے مطابق ویکسینیشن کی مکمل اسکیم ملی ہے^th 2021

یہ دیکھتے ہوئے کہ ایک مکمل اسکیم کے ساتھ ٹیکہ لگائے گئے 78.2 فیصد لوگوں نے سینوویک بائیوٹیک سے غیر فعال وائرس ویکسین کورونا ویک حاصل کی ، ہم نے اس ویکسین سے حاصل ہونے والی اینٹی باڈیز کی غیر جانبدار صلاحیت پر لیمبڈا مختلف قسم میں موجود سپائک تغیرات کے اثرات کی تحقیقات کرنے کی کوشش کی۔

اس کے لیے ، ہم نے HIV-1 پر مبنی SARS-CoV-2 سیڈو ٹائپ وائرس تیار کیے ہیں جو ووہان -1 حوالہ نسب (جنگلی قسم line نسب A) ، D614G تغیر (نسب B) ، اور الفا (نسب B) .1.1.7) ، گاما (نسب P.1) اور لیمبڈا (نسب C.37) مختلف حالتیں۔

وائرس کی تیاری کے دوران ، ہم نے مسلسل مشاہدہ کیا کہ لیمبڈا سپائک کو لے جانے والے سیڈو ٹائپ وائرس سے متاثرہ خلیوں نے ڈی 614 جی اتپریورتی یا الفا اور گاما مختلف حالتوں کے مقابلے میں نمایاں اعلی بائولومینیسنس اقدار پیدا کیں جو لیمبڈا اسپائک پروٹین کے ذریعہ بڑھتی ہوئی انفیکشن کی نشاندہی کرتی ہیں۔

چترا 1 ہے.انفیکشن مختلف سپائک پروٹین کے ذریعے ثالثی کرتا ہے۔

(A) SARS-CoV-2 سپائیک پروٹین اور اس مطالعے میں استعمال ہونے والی مختلف حالتوں کی منصوبہ بندی۔ نسبوں کو قوسین میں بیان کیا گیا ہے۔ آر بی ڈی ، رسیپٹر بائنڈنگ ڈومین ، سی ایم سائٹوپلاسمک دم

(B) ایچ آئی وی 1 پی 24 کی مساوی مقدار کا استعمال کرتے ہوئے ہر نسب کے سیڈو ٹائپس کا ٹائٹریشن۔ فائر فلائی لوسیفریز سرگرمی کو انفیکشن کے بعد 48 گھنٹوں میں ریلیٹیو لیمینیسینس یونٹس (RLU) کے طور پر ناپا گیا۔ اوسط اور ایس ڈی کا حساب ایک نمائندہ سہ رخی تجربے سے کیا گیا۔

اگلا ، ہم نے چلی کے سینٹیاگو میں یونیورسیڈاد ڈی چلی اور کلینیکا سانتا ماریا کے صحت مند صحت سے متعلق کارکنوں کے 79 پلازما نمونوں کا استعمال کرتے ہوئے اوپر بیان کیے گئے سیڈو ٹائپ وائرس کا استعمال کیا۔

ہم نے 4 نمونوں کو خارج کر دیا کیونکہ ہم ID50 ٹائٹر کا حساب کرنے کے قابل نہیں تھے۔ تجزیہ کردہ نمونوں سے ، 73 women خواتین ، درمیانی عمر 34 سال (IQR 29 - 43) اور باڈی میکس انڈیکس (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27) کے مطابق ہے۔ 20.5 the شرکاء نے تمباکو نوشی کرنے والے ہونے کا اعلان کیا جبکہ حفاظتی ٹیکوں کی مدت جاری رہی۔ کورونا ویکسین کی دوسری خوراک کے بعد نمونے 95 دنوں (IQR 76 - 96) میں حاصل کیے گئے

ہم نے مشاہدہ کیا کہ وائلڈ قسم کے سپائیک پروٹین کو لے جانے والے سیڈو ٹائپ وائرس کو غیر جانبدار کرنے کے نتیجے میں 50 inhib روکنے والا کمزوری (ID)₅₀191.46 (154.9 - 227.95 ، 95٪ CI) کا ٹائٹر ، جبکہ یہ 153.92 (115.68 - 192.16، 95٪ CI) ، 124.73 (86.2 - 163.2، 95٪ CI) ) اور 104.57 (75.02 - 134.11 ، 95٪ CI) بالترتیب D78.75G اتپریورتی یا الفا ، گاما اور لیمبڈا کی مختلف حالتوں سے سپائیک پروٹین لے جانے والے سیڈو ٹائپ وائرس کے لیے۔

ہم نے یہ بھی مشاہدہ کیا کہ ID کا جیومیٹرک مطلب ٹائٹر ہے۔₅₀ ٹائٹرز 3.05 (2.57 - 3.61 ، 95٪ CI) کے عنصر سے کم ہوئے ہیں جو لیمبڈا سپائک لے جانے والے سیڈو ٹائپ وائرس کے لیے ، 2.33 (1.95 - 2.80 ، 95٪ CI) گاما سپائک کے لیے ، 2.03 (1.71 - 2.41 ، 95٪ CI) الفا سپائیک کے لیے اور 1.37 (1.20 - 1.55 ، 95٪ CI) D614G سپائیک کے لیے جب وائلڈ ٹائپ سپائک کے مقابلے میں۔

ہمارے مطالعے میں جنسی ، عمر ، باڈی ماس انڈیکس (BMI) یا دھواں کی حیثیت اور اینٹی باڈی ٹائٹرز کو غیر جانبدار کرنے کے مابین کوئی ربط نہیں دیکھا گیا۔

چترا 2 ہے.کورونا ویک ویکسین سے پلازما کے نمونے استعمال کرتے ہوئے غیر جانبداری پرکھ

(A) باہمی 50 neutral غیر جانبدارانہ ٹائٹر میں تبدیلیاں (ID۔₅₀D75G (نسب B) ، الفا (نسب B.614) کے خلاف کورونا ویکس ویکسین کے 1.1.7 وصول کنندگان کے پلازما نمونوں میں ،

جنگلی قسم کے وائرس کے مقابلے میں گاما (نسب P.1) اور لیمبڈا (نسب C.37) مختلف ہیں۔ نتائج کو مماثل نمونوں کے غیر جانبدارانہ عنوانات میں فرق کے طور پر دکھایا گیا ہے۔ ID کی موازنہ کے لیے P اقدار۔₅₀ ولکوکسن سائنڈ رینک ٹیسٹ کے ساتھ حساب کیا جاتا ہے۔

(B) باکس پلاٹوں نے ID کی میڈین اور انٹرکورٹائل رینج (IQR) کی نشاندہی کی۔₅₀ ہر سیڈو ٹائپ وائرس کے لیے فیکٹر تبدیلیاں ID میں جیومیٹرک مطلب ٹائٹر کے فرق کے طور پر دکھائی گئی ہیں۔₅₀ وائلڈ ٹائپ سیڈو ٹائپ وائرس کے مقابلے میں۔ شماریاتی تجزیے ولکوکسن مماثل جوڑوں کے دستخط شدہ رینک ٹیسٹ کا استعمال کرتے ہوئے کیے گئے۔

ایک ساتھ ، ہمارے اعداد و شمار نے انکشاف کیا کہ لیمبڈا کی نئی تسلیم شدہ قسم کا سپائیک پروٹین ، جو چلی اور جنوبی امریکی ممالک میں بہت زیادہ گردش کر رہا ہے ، اس میں اتپریورتن ہوتی ہے جس سے انفیکشن میں اضافہ ہوتا ہے اور کورونا ویک کے ذریعے حاصل کردہ اینٹی باڈیز کو غیر جانبدار کرنے سے بچنے کی صلاحیت ہوتی ہے۔